2095年10月31日。　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。　　约两个月后的12月24日。　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，　　是和她同龄的女孩子。　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。　　她身为STARS历代最年轻的总队长，　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

　　故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

虽然涅吉（佐藤利奈 配音）只有10岁，但他强大的魔法能力使得他足以担负起任教麻帆良学院的重任，只是，性格有些害羞又未经人事的涅吉，要他面对班上31名年长且清纯可爱的女生，这样真的没问题吗？　　每一个魔法使的身边，都会存在一个保护大的勇士，两人之间要签订契约，生死与共。而一直没有勇士相伴的涅吉，居然在阴差阳错之下，和自己的学生，巨力系少女神乐坂明日菜（神田朱未 配音）签订了契约。除此之外，情报通朝仓和美（笹川亚矢奈 配音），文学少女绫濑夕映（桑谷夏子 配音），阴阳师近卫木乃香（近卫木乃香 配音），这些女孩子们的出现，也为涅吉惊险刺激的生活增添了一份欢乐。

奈基虽然还只是一个十岁的少年,但是他已经是英国国立魔法学校的优秀毕业生了.以成为出色的魔法使为目标的奈基,为了完成毕业论文而来到麻帆良学园担任女子中等部二年A班的导师.刚来报道的第一天,温和的奈基就不幸的惹到了班上活泼脱线的女生神乐坂明日菜,虽然他小心翼翼的保守自己会使用魔法的秘密,但是一次为了救班上的图书管理员宮崎のどか同学,不小心被神乐坂明日菜看到,并且因为意外KISS而与之结下契约,成为魔法使从者.奈基和神乐坂明日菜等31位女生的笑闹校园生活从此揭开了序幕……

　　奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。　　某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。

　　“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

　　平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

　　高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。　　而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。　　而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。

　　以美女神官梅莉莎和盗贼米蕾儿和女战士吉妮组成的冒险队伍在野外的废墟中寻找遗迹及宝藏，但是苦于队伍中缺少魔法师而有诸多不便，于是她们到魔法学院所在的欧帆城寻找能够一起冒险的魔法师伙伴，然而，能够并且愿意随行的只有被米蕾儿称为变态和与吉妮在大街上抢着打架的——龙威。这种魔法师根本无法让人信服，于是她们就拒绝了龙威。正当梅莉莎向迈依利神寻求启示的时候，施错魔法的龙威掉到了她的面前成为神所赐予她的勇者。不得不接受神的旨意的梅莉莎一行，只能带着他上路冒险，并不断寻找能给他提升声望的机会以便于有朝一日能够正大光明地宣布龙威是她值得骄傲的勇者！　　故事就此展开，但是基本上还是以城市为中心小规模的冒险，直到最后几集，王国的叛乱被龙威无意中瓦解后，立了功却无端担心国王处罚的一行人终于踏上了真正的冒险之路。　　作为罗德岛的作者而成为无人不知的水野良，在这部作品中能很明显的看出其背景设定等方面与罗德岛的相似之处，然而，他完全颠覆了在罗德岛中作为勇者和作为魔法师的设定（当然，比起魔法提琴手的BT来还是望尘莫及）该作中的魔法师一反以往乃至正统小说如《龙枪》中魔法师身体虚弱的形象，满身肌肉的龙威毫无身为魔法师在队伍中的自觉，反而在施法时不是施到一半忘了下文去翻书，就是背错了魔法总是把爆破魔法当作其他魔法而炸的自己人到处逃窜，最经常的就是条件反射般用拳头和剑作为第一武器留下其他人在后方作援助，甚至出现了第一回冒险就把魔杖当武器砸向敌人以至于失去了施法道具而在其后的好几回中不能施展法术，总之如果不是动画的题目不是《魔法战士》的话几乎就让人忘记了他的本职是法师。其他人物的搞笑配合在动画中也层出不穷，龙威的古板而又想扬名的魔法学院的导师、梅莉莎的光有漂亮外表只依靠魔剑才能战斗经常被打的只剩内裤裸奔的未婚夫、米蕾儿装钱的罐子和省钱买下的闹鬼的房子等等等等，即使在决战关头也不缺乏幽默的片段。