「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義体化した少女・七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武装のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方もない新生活だった。

　　佐桥皆人（立花慎之介 配音）是一个普通的应届考生，运气不好的他在连续两次落榜后，决心要向心目中的理想大学展开第三轮进攻，没想到，一个少女的从天而降彻底改变了皆人平凡的命运。少女名叫结（早见沙织 配音），自称鹡鸰，而皆人在她的口中则成为了她的苇牙。原来，如今的首都正在开展一场轰轰烈烈的战争，共有108名鹡鸰参与其中，她们要和她们的主人苇牙结下契约，只有在苇牙的帮助下，她们才能够羽化参加战斗。　　就这样，皆人被莫名其妙的卷入了大战之中。除了结外，个头较小脾气却很大的草野（花泽香菜 配音），成熟为重法力高强的松（远藤绫 配音），桀骜不驯的御姐月海（井上麻里奈 配音）等鹡鸰接连出现在了皆人的面前，面对强大的对手，皆人和他的鹡鸰们能够获得最终的胜利吗？

　　《鹡鸰女神2》：来，开始吧新的神话，可爱的战记，奇迹般的恋爱故事..................2020年，在新东帝都耸立的高楼屋顶上，一个男人发出了这样的宣言。那是整个“鹡鸰计划”开始的信号.被称为“鹡鸰”的108名可爱战士，为了寻找各自的主・葦牙，被放飞到人类世界睹上自己的信念，为了成为最后一只“鹡鸰”.“对不起，今年也失败了……”虽然来到了憧憬已久的东京，但是考大学失败，成为复读生的佐桥皆人。整天无所事事，也没什么亲密朋友，当然也不可能会有女朋友，是个所谓的心力交瘁者。而且在那一天，决定要第二次复读。在残酷的现实世界，情绪低落的皆人走在回家的路上。在他的面前，突然，一个美少女从天而降。她的名字是“结”。自称名叫“鹡鸰”的少女，选择皆人作为命运的对象“葦牙”。“我，为了大家而战斗！”皆人与结的羁绊，故事由此展开——这是，人与鹡鸰交织而成的一出新神话这是，由鹡鸰们展开的一场可爱的战记这是，与命运之人一起纺织而出的奇迹爱情故事“所有的一切，都是为了与所爱的人永远的结合......................

　　1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。　　她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。

　　1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。　　男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。　　同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。　　两仪式与两仪织，猎奇杀人事件的真相到底是什么？两仪家的秘密在黑桐眼前逐渐展开。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第二章电影版。

　　1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。　　与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。　　一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

　　1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。　　18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。　　黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用方法。医院突然遭到袭击，式手握匕首，跨出了2年来，最坚毅的一步。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第四章电影版。

　　“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。”　　1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。　　而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽藍堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第五章电影版。

　　1999年1月，黑桐鲜花所就读的高级女子中学——礼园出现了神秘的事件。一年四班的学生橘佳织在宿舍起火事件中身亡，随后，一年四班全体同学的生活改变了。每天活在痛苦与烦恼中的她们，收到了不明来源的信件。不安的情绪在礼园全体学生间蔓延。为了解决事件，两仪式假扮学生潜入礼园，与黑桐鲜花一同调查事件的原委。另一方面，黑桐干也在使用自己的方法追踪事件的真相。而事件的背后，似乎还有那个男人，魔术师荒耶宗莲的安排。　　苍崎橙子之徒黑桐鲜花，拥有“直死之魔眼”的两仪式，魔术与战斗的交叉，礼园的秘密在她们面前展开。　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第六章电影版。

　　1999年2月，杀人鬼回来了！　　1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？　　解决都市不可思议事件的伽蓝堂的成员开始展开调查，两仪式准备以自己的匕首结束这一切。但决战之前，黑桐干也发现犯人居然是自己旧日所识！　　在友情与正义相混淆的世界中，干也到底要如何抉择？　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第七章电影版。