1910年哈尔滨爆发了一场百年不遇的鼠疫。这个城市无法再恢复原来的繁荣面貌了，从发病起，每天死的人从1个发展到180个，整个城市恐慌了。伍连德抵达哈尔滨后也被灾情的严重所震惊，经过3个月的调查研究，伍连德确认了病情的性质——肺鼠疫。于是他命所有人都要戴口罩，隔离病人。最后冒生命危险果断采取措施——焚烧尸体，从而彻底切断了传染源，一场大瘟疫被彻底消灭。

1895年，甲午战争结束。日军偷袭澎湖，强迫清政府割让台湾。刘永福临危受命，赴台主持军务。此时的台湾人心惶惶，绿营武备松弛，官员竞相内渡。面对日军逼境，刘永福挺身而出，团结台湾志士，以孤军抗击日军的进攻。

电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝政府在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。